「臨海副都心」という言葉や周辺の建物、住所も無かったこの東京港の埋立て地に、昭和49年（1974）7月20日に開館。

現在は本館展示公開を休止し、初代南極観測船“宗谷”を中心とした屋外展示資料と「別館 展示場」を公開しています。

プール水面を活用した各種体験教室を開催しており、博物館活動を継続している。